抗病毒治疗是治疗乙肝的最重要环节，目前国内外公认的抗乙肝病毒治疗药物有：干扰素、拉米夫定、阿德福韦和恩替卡韦等四种。这四种药物各有利弊，使用的适应症、剂量、疗程以及不良反应各不相同，所以正确掌握乙肝抗病毒治疗的药物选择、治疗时机以及疗程格外重要。乙肝抗病毒治疗需要注意以下10个要点：
1.肝功正常者不进行抗病毒治疗。如果患者肝功检查始终正常，病情处于病毒携带状态，不需要进行抗病毒治疗。
2.治疗前应做肝穿。患者在进行抗病毒治疗之前最好先做一次肝穿检查，明确肝组织内病毒分布及数量、肝脏组织炎症和纤维化程度，以决定使用哪种抗病毒药物和抗病毒治疗方案。
3.如果患者检查乙肝病毒DNA为阳性，肝功能检查提示谷丙转氨酶为正常值两倍以上应进行抗病毒治疗。如果是首次使用抗病毒治疗，需要了解病人的经济、身体、工作、生活、婚姻、生育等情况，选定最为合适的治疗方案和药物。由于抗病毒治疗时间长，投入精力、物力、财力巨大，治疗方案一定要切实可行、实事求是。
4.首选药物可选干扰素、拉米夫定、阿德福韦和恩替卡韦，但是具体选用哪个又有讲究。有明确家族乙肝背景（垂直传播）者，干扰素效果不佳；肝功能失代偿阶段（晚期肝硬化）、高度黄疸者不能使用干扰素；拉米夫定最好不要用于儿童；阿德福韦最好用于拉米夫定治疗发生病毒变异者。
5.抗病毒治疗期间的监测。至少一个月监测一次肝功、肾功和血常规；一般3个月复查一次乙肝病毒指标（HBeAgHBVDNA）（定量法）。
6.治疗后的监测。整个疗程结束后的最初3个月每月监测一次肝功和乙肝病毒指标（HBeAg、HBVDNA），此后延长监测时间。对于病情较重的肝硬化患者和疗效不好的患者，监测力度要加强，注意病情恶化；对于疗效较好者可以每半年或一年检查一次。
7.关于疗程目前，干扰素抗病毒治疗建议疗程是4～6个月。拉米夫定和阿德福韦至少要1年以上时间。干扰素治疗HBeAg阴性的乙肝患者（小三阳）应延长到12个月。治疗结束后应继续随访6～12个月。拉米夫定治疗HBeAg阳性患者（大三阳）若间隔6个月的两次检查中均发现HBVDNA消失且伴有HBeAg的阴转则可以停药。
8.各种抗病毒药物并非特效药物。在正确选择适应症，一切严格按部就班治疗的情况下，只有一半左右的患者可以获得有效应答，另一半患者可能无效。对于乙肝抗病毒治疗的积极作用和局限性，一定要向患者交待清楚，获得患者的理解和认可，以免引起医疗纠纷。
9.拉米夫定可用于肝功能失代偿的病人。重型肝炎、肝硬化腹水的病人如果乙肝病毒复制指标为阳性，可以选择抗病毒治疗，但是只能选择拉米夫定。
10.关于病毒变异许多乙肝病人长期服用拉米夫定，多年后出现了乙肝病毒变异（YMDD、YIDD、YVDD 等)这时乙肝病毒复制指标再次转阳，肝功出现异常，此时不要轻易停用拉米夫定，防止野生毒株的反跳，而可以加用阿德福韦，与拉米夫定并用一个月，之后停用拉米夫定，长期使用阿德福韦抗病毒治疗。
